Le sue opere principali sono:
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Rebecca (1849), olio su tela, disperso;
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Costume di Catania (1851), olio su tela, Galleria d'arte moderna di Torino;
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Aristide, ovvero L'Ostracismo (1851), olio su tela, disperso;
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Dante e Beatrice, ovvero La nullità del mondo (1852), olio su tela, disperso;
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Dante e Beatrice, ovvero Poesia e amore (1852), olio su tela, disperso;
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La fuga di Bianca Cappello (1853), olio su tela, disperso;
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Fuochi fatui (1853), olio su tela, disperso;
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Addolorata (1856), olio su tela, santuario della Madonna della Consolazione di Mascalucia;
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Cuore di Gesù (1856), olio su tela, santuario della Madonna della Consolazione di Mascalucia;
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L'edera (Je meurs ou je m'attaché) (1857), olio su tela, collezione privata;
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San Vito e Artemia (1858), olio su tela, Chiesa di San Vito Martire di Mascalucia;
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Sacrificio di Gedeone (1858), olio su tela, chiesa di San Placido di Catania;
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Cena in Emmaus (1858), olio su tela, chiesa di San Placido di Catania;
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L'Immacolata (1858), olio su tela, chiesa di San Placido di Catania;
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Sant'Agata in carcere (1858), olio su tela, chiesa di San Placido di Catania;
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Apoteosi del Bellini (1862), olio su tela, Museo Belliniano di Catania;
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San Benedetto benedice San Placido (1861), olio su tela, chiesa di San Benedetto di Catania;
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Re Totila si prostra dinanzi a San Benedetto (1861), olio su tela, Chiesa di San Benedetto di Catania;
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San Luigi Gonzaga (1862), olio su tela, Chiesa di San Vito Martire di Mascalucia;
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I vespri Siciliani (1864), olio su tela, Museo Civico al Castello Ursino di Catania;
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Calendimaggio (1864-1865), olio su tela, Museo Civico al Castello Ursino di Catania;
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Ofelia Pazza (1865), olio su tela, Museo Civico al Castello Ursino di Catania;
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Autoritratto (1866), olio su tela, Galleria degli Uffizi di Firenze;
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Margherita e Fausto (1868), olio su tela, Museo Civico al Castello Ursino di Catania;
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Bagnanti (1869), olio su tela, Museo Civico al Castello Ursino di Catania;
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Le donne velate (Capriccio) (1869), olio su tela, collezione privata;
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Le castellane e il Menestrello (1869), olio su tela, Museo Civico al Castello Ursino di Catania;
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Amore Contrastato (1872), olio su tela, Museo Civico al Castello Ursino di Catania;
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Le maggiolate (1872), olio su tela, Galleria nazionale d'arte moderna di Roma;
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Se fossi ricca (1879), olio su tela, Museo Civico al Castello Ursino di Catania;
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Sant'Antonio da Padova (1882), olio su tela, chiesa Madre dello Spirito Santo di Nicolosi;
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Ore Felici (1883), olio su tela, Museo Civico al Castello Ursino di Catania;
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L'Orientale (1883), olio su tela, Museo Civico al Castello Ursino di Catania.
I vespri siciliani (1864)
Il capolavoro di Michele Rapisardi, riconosciuto universalmente, è custodito al Castello Ursino. Raffigura uno dei momenti cruciali della storia siciliana.
Il pittore rappresenta la scena più dolorosa e piena di pathos.