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Come tutti i vulcani l'Etna si è formato nel corso dei millenni con un processo di costruzione e distruzione iniziato intorno a 600.000 anni fa, nel Quaternario. Al suo posto si ritiene vi fosse un ampio golfo nel punto di contatto tra la zolla euro-asiatica a nord e la zolla Africana a sud, corrispondente alla catena dei monti Peloritani a settentrione e all'altopiano Ibleo a meridione. Fu proprio il colossale attrito tra le due zolle a dare origine alle prime eruzioni sottomarine di lava basaltica fluidissima con la nascita dei primi coni vulcanici, al centro del golfo primordiale detto pre-etneo. Si ritiene che tra 200.000 e 100 000 anni fa questi coni entrarono in una nuova fase di attività eruttiva emettendo lave di altro tipo, alcalo-basaltiche.
Il principale dei coni, che viene denominato dagli studiosi Monte Calanna, è oggi inglobato al di sotto del vulcano. Cessata l'attività di questo, circa ottantamila anni fa entrò in eruzione un nuovo complesso di coni vulcanici, detto Trifoglietto, più ad ovest del precedente, che a dispetto del grazioso nome fu un vulcano estremamente pericoloso, di tipo esplosivo, come ad esempio il Vesuvio e Vulcano delle isole Eolie, che emetteva lave di tipo molto viscoso. L'attività vulcanica si spostò poi ancor più ad ovest con la nascita di un ulteriore bocca vulcanica a cui vien dato il nome di Trifoglietto II. Il sistema collassò circa 64 000 anni fa dando origine all'immensa caldera detta Valle del Bove profonda mille metri e larga cinquemila. Il collasso del vulcano che con le sue eruzioni ormai aveva riempito quasi del tutto il golfo preesistente, portò ad un lungo periodo durato circa 30 000 anni in cui si alternavano fasi di effusione lavica basaltica a fasi esplosive violente con formazione di tufi e altri prodotti piroclastici; al termine del periodo, un nuovo grande cono laterale, ancora più ad ovest, entrò in attività. Era nato il Mongibello, che è quello che forma il complesso ancor oggi in attività.
Nel corso del tempo si sono avute fasi di stanca e fasi di attività eruttiva, con un collasso del Mongibello intorno a ottomila anni fa; le lave sono ritornate ad essere di tipo fluido basaltico e si sono formati altri coni di cui alcuni molto recenti. Il vulcano attuale è costituito essenzialmente da 4 crateri sommitali attivi: il cratere centrale o Voragine, il cratere subterminale di Nord-est (formatosi nel 1911), la Bocca Nuova (del 1968) e il cratere subterminale di Sud-est (del 1971)[2]. Presenta inoltre diverse piccole bocche laterali sparse a varie altitudini, dette crateri avventizi, prodotte dalle varie eruzioni nel tempo. Esistono poi dei centri eruttivi eccentrici caratterizzati dalla non condivisione del condotto vulcanico con il vulcano principale, ma del solo bacino magmatico, quali i monti Rossi e il monte Mojo.